柴胡桂枝干姜汤是小柴胡汤的变方，其组方严谨，是治疗少阳病的重要方剂。针对“往来寒热”的症状，该方中柴胡具有和解少阳、疏肝解郁的作用，能够调节体温，使寒热症状得以缓解。针对“心烦”的症状，黄芩具有清热燥湿、泻火解毒的功效，能够清除体内热毒，缓解心烦情绪。牡蛎在此方中发挥软坚散结的作用，针对“胸胁满微结”的症状，牡蛎能够软化硬结，缓解胸胁满闷。此外，根据小柴胡汤的条文，若出现“胁下痞硬”症状，需要去大枣并增加牡蛎的用量。这里，“胁下痞硬”与“胸胁满微结”性质相似，只是程度不同，因此用量也不同。对于“渴”的症状，瓜蒌根具有生津止渴的作用，而牡蛎也具有类似功效，因此二者同用可以更好地缓解口渴。同时，由于患者没有呕吐症状，故去掉了半夏和生姜。该方中还去掉了人参和大枣，这可能是因为患者消化道机能尚好，没有食欲不振等症状。对于“头汗出”的症状，桂枝具有平冲降逆的作用，能够调节人体气机升降。最后，“复下之”暗示患者存在大便溏泄的症状，干姜具有温中散寒、回阳通脉的功效，能够调理脾胃功能，改善大便溏泄症状。
柴胡桂枝干姜证的实质是疾病未去复见津液耗损匮乏。在伤寒病程中，“伤寒五六日”，原本就有体液消耗的情况，而“已发汗而复下之”则会导致津液耗损更为严重，因此出现口渴、小便不利等症状。这种口渴的程度非常严重，需要用瓜蒌根来治疗，这也说明了津液耗损的严重性。瓜蒌根所治疗的渴，是由于津液枯燥所导致的，普通的饮水并不能缓解渴感，因此瓜蒌瞿麦丸的条文中提到“其人苦渴”，其中“苦”字就点出了渴的程度。此外，小便不利的症状并不是由于水气滞留所引起的，因此不需要使用茯苓来治疗。头出汗和大便溏泄等症状，是由于水液通过其他途径排出体外，因此会导致小便不利。从病位的角度来看，柴胡桂枝干姜汤主要治疗胸肋部的不适症状。例如，慢性肝炎患者出现腹泻腹胀；肺结核患者出现胸膜炎；疟疾患者出现脾肿大等症状，都可以使用柴胡桂枝干姜汤来治疗。此外，糖尿病患者如果出现口渴、头汗出而不利等症状，也可以使用本方进行治疗；糖尿病皮肤感染、痈肿等症状也可以用此方来治疗。
